Ο Γιάννης Στάνκογλου ήταν καλεσμένος στην εκπομπή «Καλύτερα δε γίνεται» και μίλησε για τη σχέση του με τα παιδιά του, τη Φοίβη και τον Φίλιππο. Ο ηθοποιός δέχτηκε τα συγχαρητήρια της Ναταλίας Γερμανού, η οποία του είπε μέσα από την καρδιά της πόσο φανταστικός πατέρας είναι. «Κάνω ότι μπορώ γι’ αυτό, γιατί έχω δύο φανταστικά παιδιά», απάντησε εκείνος.

Η κόρη του, όπως αποκάλυψε, είναι πλέον 16,5 ετών και ασχολείται με τη μουσική. «Γράφει τη δική της μουσική», είπε χαρακτηριστικά. Η Φοίβη, που από μικρή ηλικία δραστηριοποιείται και στο θέατρο, έχει σύμφωνα με τον ίδιο κληρονομήσει το ταλέντο του — όταν την είδε να παίζει για πρώτη φορά στη σκηνή, το χαρακτήρισε «ανατριχιαστικό και πολύ ωραίο».

Μιλώντας για το πώς βλέπει τον ρόλο του ως πατέρας, ο Γιάννης Στάνκογλου περιέγραψε μια σχέση βασισμένη στην εμπιστοσύνη και την ανοιχτή επικοινωνία. «Έχουμε μια πολύ όμορφη σχέση, θέλω να δίνομαι, θέλω να μου δίνονται, να μιλάμε, να λέμε τα μυστικά μας», ανέφερε. Και πρόσθεσε ότι δεν θα μπορούσε να είναι με μια γυναίκα που δεν σέβεται τον χρόνο που περνά με τα παιδιά του.

Ο ηθοποιός έχει συνεπιμέλεια με την πρώην σύζυγό του, τη σκηνοθέτιδα Αλίκη Δανέζη-Κνούτσεν, από την οποία πήρε διαζύγιο το 2020. Ο χωρισμός τους έγινε γνωστός δημόσια τρία χρόνια αργότερα. Όπως έχει εξηγήσει σε παλαιότερες συνεντεύξεις, τα παιδιά μένουν μαζί του τρεισήμισι μέρες την εβδομάδα, με τον ίδιο να αναλαμβάνει και το μαγείρεμα εκείνες τις ημέρες — μια συνθήκη που περιγράφει ως «πάρα πολύ όμορφη».