Η Ferrari επέλεξε να επαναφέρει την αίσθηση του χειροκίνητου κιβωτίου μέσα από μια εντελώς νέα προσέγγιση. Η 12Cilindri Manuale περιορίζεται σε 1.499 αντίτυπα και έρχεται με το σύστημα Manuale By-Wire που τοποθετεί πεντάλ συμπλέκτη και κλασικό επιλογέα πάνω στο υπάρχον αυτόματο κιβώτιο.
Το σύστημα E-Shift δίνει στον οδηγό τη δυνατότητα να επιλέξει νεκρά ή όπισθεν μέσω του επιλογέα. Οι πρώτες έξι σχέσεις λειτουργούν χειροκίνητα, ενώ οι έβδομη και όγδοη παραμένουν διαθέσιμες μόνο στην αυτόματη λειτουργία. Το πεντάλ συμπλέκτη ρυθμίστηκε με αντίσταση περίπου 14 κιλών για να δώσει φυσική αίσθηση.
Η 12Cilindri Manuale είναι το πρώτο χειροκίνητο V12 μοντέλο της Ferrari μετά την 599 GTB. Αν ο οδηγός χειριστεί λάθος το συμπλέκτη, ο κινητήρας μπορεί να σβήσει ακριβώς όπως σε παλιό μηχανικό κιβώτιο. Οι πρώτες παραδόσεις ξεκινούν στις αρχές του 2027.
Κάτω από το καπό παραμένει ο ατμοσφαιρικός V12 των 6,5 λίτρων με 830 ίππους. Το αυτοκίνητο επιταχύνει στα 100 km/h σε 2,9 δευτερόλεπτα όταν χρησιμοποιείται η αυτόματη λειτουργία με launch control. Δεν υπάρχουν paddles πίσω από το τιμόνι, ώστε όλη η αλληλεπίδραση να γίνεται μόνο μέσω του επιλογέα και του πεντάλ.
Η κατασκευή βασίζεται στο ίδιο οκτατάχυτο DCT, αλλά το λογισμικό μεταφράζει τις κινήσεις του οδηγού σε πραγματική εμπλοκή των συμπλεκτών. Το σύστημα επιτρέπει ακόμα και τραντάγματα ή ολίσθηση όταν ο οδηγός το επιδιώκει. Η τιμή φτάνει τα 590.000 ευρώ, πενήντα τοις εκατό πάνω από την απλή 12Cilindri.